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全基因組關聯分析

GWAS(Genome-wide association study),即全基因組關聯分析,是通過掃描基因組中數以百萬計的單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism, SNP)分子標記,進行基因型和表型間相關性分析,篩選出影響復雜性狀的基因變異的一種策略。

Schematic diagram

技術示意圖

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Results Display

結果展示

  • 關聯分析 / ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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    曼哈頓圖為經F檢驗的全基因組P值按染色體上物理位置排序圖,橫坐標為基因組坐標,縱坐標-log10P,P值越小縱坐標越大關聯性越強。
  • 群體主成分分析 / ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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    主成分分析(PCA)是一種數學的運算方法,基于個體基因組SNP差異程度,可以將多個相關變量經過線形轉換選出較少個數的重要變量。
  • 構建單體型圖譜 / ? ?
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    利用全基因組SNPs構建單倍型圖譜,可以分析顯著關聯SNP位點之間、候選基因內各SNP位點之間的LD關系以及單體型和性狀之間的相關性。
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